يقوم معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن بإعتباره السكرتاريا الإقليمية لمبادرة مراكز التمييز للحد من التهديدات الكيماوية والبيولوجية والاشعاعية والنووية التابعة للاتحاد الأوروبي، بالإشراف على تنفيذ المبادرة ومشاريعها في كل من الأردن والعراق ولبنان. حيث كانت السكرتاريا الإقليمية للشرق الأوسط الأولى عالميا في الدخول حيّز التنفيذ، والسكرتاريا الوحيدة التي يتم استضافتها من قبل جهة غير حكومية.