يقوم معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن بإعتباره السكرتاريا الإقليمية لمبادرة مراكز التمييز للحد من التهديدات الكيماوية والبيولوجية والاشعاعية والنووية التابعة للاتحاد الأوروبي، بالإشراف على تنفيذ المبادرة ومشاريعها في كل من الأردن والعراق ولبنان. حيث كانت السكرتاريا الإقليمية للشرق الأوسط الأولى عالميا في الدخول حيّز التنفيذ، والسكرتاريا الوحيدة التي يتم استضافتها من قبل جهة غير حكومية.

قام معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن بتأسيس المركز الإقليمي للتدريب على الكشف الإشعاعي في عام 2018 بالشراكة مع هيئة تنظيم قطاع الطاقة والمعادن الأردنية. يعد المركز المنشأة الأولى من نوعها في المنطقة العربية، إذ تم إعداده وتجهيزه لرفد قدرات المنطقة في تحديد التهديدات النووية والاشعاعية والاستجابة لها وذلك من خلال تطوير وتقديم تدريبات عملية باللغة العربية؛ تنسجم مع السياق العملي والثقافي. يحتوي المركز على العديد من اجهزة الكشف الإشعاعي المتقدمة مثل كواشف الإشعاع للبوابات الحدودية الخاصة بالمركبات والأفراد بالإضافة إلى مجموعة متعددة من اجهزة الكشف الإشعاعي المحمولة.

طوّر معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن عدد من المكونات الأساسية لبرامج الحد من المهددات الداخلية تشمل: دورات تدريب التوعية الأمنية و حملة رفع الوعي من خلال اللافتات التوعوية. المعهد شريك مطوّر لبرنامج الأردن الأول حول الاعتمادية البشرية في المفاعل النووي الأردني للبحوث والتدريب – وعضو في اللجنة الوطنية المعنية بتنفيذ البرنامج. قام معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن أيضا بتطوير العديد من مصادر المعرفة حول المهددات الداخلية مثل: دليل تطوير برنامج اعتمادية بشرية، ومنهجية تطوير حملة لافتات توعوية، و دراسات حالة إقليمية حول المهدد الداخلي.

توّجت مساعي معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن الرامية إلى التوفيق بين الجهود الوطنية المتعلقة بالأمن البيولوجي في الممكلة الأردنية الهاشمية ومتابعتها بشكل مستمر— بالوصول إلى تبني وإقرار تشريعات قانونية خاصة بتأسيس اللجنة الوطنية للأمن والسلامة البيولوجية وذلك منتصف عام 2019. أُلحق المعهد بعضوية اللجنة المعنية بتطوير ومتابعة مبادرات الأمن البيولوجي وتحديد أولويات العمل المشتركة.

قدّم معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن الإدارة والمتابعة لمشروع وطني معني بتأمين المصادر المشعة الموجودة في المنشآت المدنية داخل الممكلة الأردنية الهاشمية. بالإضافة إلى تقييم أنظمة الحماية المادية للمواقع المعنية، يقوم المعهد أيضا بتطوير وتنفيذ تدريبات خاصة بتلك المنشآت حول التوعية الأمنية، الثقافة الأمنية، تطوير القدرات الرقابية والتنظيمية وتخطيط الاستجابة.