يتم تصميم وتطوير وإدارة البرامج وفقا للممارسات الدولية الفضلى وانسجاما مع السياق المحلي والإقليمي. إذ يعد التعاون مع الجهات المعنية والتحديد المشترك للاحتياجات جزء لا يتجزأ من آلية العمل وبشكل يضمن تبني الحلول المصممة من المعهد والتأييد والتوافق عليها.
يمثل سجل البرامج والمشاريع لمعهد الشرق الأوسط العلمي للأمن العديد من المواضيع ذات القضايا المشتركة تستند جميعها إلى أساس واحد هو الاستدامة. يتطلب استدامة القدرات في التعامل مع المخاطر على المستويان الفردي والمؤسسي، فعاليات واجراءات منتقاة ومصممة بحرص من شأنها تعزيز وإتمام الإمكانيات المؤسسية والموارد على ارض الواقع.
يتم تقييم العوامل الثقافية المؤسسية والوطنية بشكل موسّع عند تطوير برامج معهد الشرق الأوسط العلمي للأمن و نطاق عمله خلال المنطقة العربية.